W 1996 roku japońskie oceanarium w Toba pozyskało parę manatów z rzeki Geba w Gwinei Bissau. Mimo uzgodnień pomiędzy Japonią i Gwineą Bissau operacja ta (której koszt oszacowano na około 1,8 miliona dolarów amerykańskich) wywołała kontrowersje. W dyskusji powstałej po przekazaniu manatów brały udział organizacje pozarządowe, lokalni działacze ochrony przyrody, instytucje rządowe oraz zagraniczni naukowcy.
Pomimo statusu gatunku chronionego na terenie wszystkich państw, w których występują manaty afrykańskie, w wielu miejscach nadal są one obiektem polowań. W Kamerunie mięso manatów można kupić na targu. W Gwinei Bissau mięso manata jest uważane za najlepsze, jakie można zdobyć. Oprócz mięsa obiektem handlu jest też olej pozyskiwany z manatów. W Mali, Senegalu i Czadzie jest on droższy od mięsa z manata. Używa się go do leczenia reumatyzmu i schorzeń skóry i włosów. Olej z głowy manata jest wykorzystywany do leczenia infekcji uszu. W Mali niektóre części penisa manata są używane do leczenia impotencji. Skóra stanowi surowiec do produkcji batów.