Mniejsza wysokość muru pozwalała nie tylko na zastosowanie artylerii, ale i na rażenie wroga z 2 poziomów murów jednocześnie. W przypadku zajęcia zewnętrznej linii murów przez wroga, nadal można było się bronić i razić pozycje wroga z wysoka.
Wykopanie fosy wiązało się z koniecznością budowy mostów. Jeden z nich powstał przy Bramie Nowomiejskiej, przekształcony w 1548 w Barbakan (ostatni wybudowany element murów), drugi zaś przy Bramie Krakowskiej (plac Zamkowy, odsłonięty w latach 80. XX wieku). Już w XVI wieku umocnienia te były przestarzałe w związku z rozwojem artylerii i sam Barbakan już nie miał większego militarnego znaczenia, pomimo usytuowania wjazdu pod kątem do ulicy Freta biegnącej z Nowego Miasta do bramy. Osadnictwo w rejonie Warszawy już w XIV wieku znajdowało się poza murami miejskimi, które okazały się być zbyt ciasne dla nowej ludności.
Utrata znaczenia W latach 1621–1624 powstał nowy pas umocnień ziemno-bastionowych tzw. Wał Zygmuntowski, który był znacznie oddalony od murów miejskich.
W czasie potopu szwedzkiego mury uległy uszkodzeniom, które w okresie późniejszym nie zostały naprawione, w tym okresie też ostatni raz odegrały one znaczenie militarne.