II wojna światowa Wraz z początkiem kampanii wrześniowej, żołnierze Wehrmachtu pochodzący z Bytomia i mówiący po polsku, decyzją sztabu wojennego zostali zakwaterowani w domu Gomoły. Szybko jednak naprawiono tę pomyłkę, a pierwsze dni wojny były dla Jana czasem codziennych przesłuchiwań, między innymi z powodu dezercji z niemieckiej armii jego syna Karola. Ostatecznie internowany 21 września trafił do komisariatu w Strzelcach na przesłuchania, a stamtąd do strzeleckiego więzienia. 4 października został wywieziony przez SS do Opola, stamtąd pociągiem w głąb Rzeszy do Weimaru, a następnie ciężarówką do powstałego obozu koncentracyjnego w Buchenwaldzie, gdzie 64-letni Gomoła trafił 5 października 1939 roku. Jan po latach wspominał, że już pierwszej nocy jako bici i kopani więźniowie musieli spędzić noc stłoczeni w ciemnych, betonowych bunkrach.