Pisarz dokonywał korekty i poprawiał powieść aż do swojej śmierci w 1940 roku, nie uzyskując do końca zadowalającej go wersji.
Publikacja i odbiór powieści mały|Znaczek radziecki z 1991, wydany z okazji 100-lecia urodzin Bułhakowa Powieść została opublikowana (w wersji ocenzurowanej) po raz pierwszy w miesięczniku „Moskwa” (numery 11/1966 i 1/1967). Pierwsze polskie wydanie, w przekładzie Witolda Dąbrowskiego i Ireny Lewandowskiej, dokonane na podstawie ocenzurowanego wydania radzieckiego, ukazało się w 1969 roku; tego roku w RFN zostało opublikowane pełne wydanie oryginału, gdzie zaznaczono tekst wycięty przez cenzurę, uwzględniany potem w kolejnych polskich wydaniach. Drugie polskie tłumaczenie, autorstwa Andrzeja Drawicza, ukazało się w 1995.
Krytyk literacki, docent w Rosyjskim Państwowym Instytucie Sztuk Scenicznych, Nadieżda Dożdikowa zauważa, że przedstawiony w Mistrzu i Małgorzacie obraz Jeszui jako nieszkodliwego szaleńca ma swe źródła w literaturze ZSRR lat 20., która podążając za tradycją demitologizacji Jezusa, tworzoną w dziełach Straussa, Renana, Nietzschego, Bineta-Sanglégo, wysuwała na plan pierwszy dwa główne motywy: choroby psychicznej i oszustwa.