Dopiero na przełomie lat dwudziestych i trzydziestych zwyciężyła w propagandzie ZSRR opcja mitologiczna, czyli negowanie istnienia Jezusa.

Prawosławny teolog Henryk Paprocki stwierdził, że kluczem do zrozumienia powieści jest fakt, że była ona zaadresowana do zlaicyzowanych Rosjan lat 30. Ponadto, wg Paprockiego, oba wątki książki, moskiewski i jerozolimski, ukazują to samo państwo totalitarne, funkcjonujące w oparciu o donosicieli, tajne służby i morderców. Z kolei Andriej Kurajew, teolog rosyjski, określił cały motyw dotyczący Jeszui jako bluźnierczy.

Książka znalazła się na liście 100 książek XX wieku według Le Monde.

W Moskwie dwa muzea upamiętniają Michaiła Bułhakowa oraz Mistrza i Małgorzatę. Oba mieszczą się w dawnym domu Bułhakowa przy ulicy Bolszaja Sadowaja nr 10. Od końca lat 80. XX wieku i upadku Związku Radzieckiego budynek stał się miejscem spotkań fanów Bułhakowa, a także moskiewskich grup satanistycznych.

Konstrukcja Powieść składa się z 32 rozdziałów. Rozdziały te skonstruowane są za pomocą różnych technik narracyjnych i połączone w sposób przypominający montaż filmowy.