Fabuła opiera się na trzech głównych wątkach (pobyt szatana w Moskwie, miłość Mistrza i Małgorzaty, spotkanie Piłata z Jeszuą), wątki te przeplatają się ze sobą i łączą poprzez różnorakie zależności, tworząc nierozerwalną całość, przy czym wątek Poncjusza Piłata jest jednocześnie powieścią w powieści (powieścią szkatułkową). Powieść korzysta z różnych technik i wzorców literackich – odwołuje się do satyry, powieści kryminalnej, powieści przygodowej, baśni i przypowieści biblijnej. Wykorzystuje też tradycyjne motywy, m.in. czarodziejskiej przemiany, opowieści obłąkanego i kultu szatana.
Streszczenie fabuły Akcja powieści przebiega w dwóch płaszczyznach miejsca i czasu. Wątek tytułowy (miłość Małgorzaty Nikołajewny i Mistrza, autora powieści historycznej o Poncjuszu Piłacie) jest snuty i przeplatany z równoczesnym oraz równoważnym wątkiem wizyty Szatana i jego świty w Związku Radzieckim, a większość opisywanych zdarzeń ma miejsce w Moskwie lat 30. XX w.