Wątek historyczny (losy Poncjusza Piłata, tytułowego bohatera powieści napisanej przez Mistrza, skupione wokół procesu i kaźni wędrownego proroka Jeszui Ha-Nocri) nawiązuje tematycznie do niektórych wątków biblijnych, ma formę apokryficznej powieści w powieści, osadzonej w Judei (głównie Jerozolima) czasu panowania cesarza Tyberiusza i przedstawianej fragmentarycznie przez różne źródła narracyjne (opowiadanie Szatana, sen Iwana Bezdomnego oraz lektura rękopisu przez Małgorzatę).
Część moskiewska Akcja powieści rozpoczyna się na Patriarszych Prudach. Dwóch pisarzy – Michaił Aleksandrowicz Berlioz (przewodniczący organizacji literackiej Massolit) i poeta Iwan Bezdomny – rozmawiają o religii i osobie Jezusa Chrystusa. Do rozmowy włącza się tajemniczy cudzoziemiec, podający się za specjalistę od czarnej magii. Nieznajomy jest przeciwny twierdzeniu obu rozmówców, że Bóg nie istnieje, a już szczególnie oponuje wobec twierdzenia, że nie ma diabła. Opowiada też historię niejakiego Jeszui (opowieść ta stanowi początek tzw. wątku jerozolimskiego). Następnie przepowiada, że jeszcze tego samego dnia Berlioz zginie poprzez dekapitację. Przewodniczący Massolitu opuszcza park, aby telefonicznie zadenuncjować podejrzanego cudzoziemca, jednak po drodze wpada pod tramwaj i, zgodnie z przepowiednią, umiera z odciętą głową.