Jeden uszkodził dzwonnicę i kopułę, drugi wpadł do pomieszczenia ołtarzowego, ale nie wybuchł.

W okresie międzywojennym cerkiew nie posiadała statusu świątyni parafialnej, o co Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny starał się od 1922. Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego rozważało możliwość uznania jej za filię soboru św. Marii Magdaleny w Warszawie, ostatecznie jednak w 1927 zgodziło się jedynie na otwarcie kaplicy w domu parafialnym bez nadania takiego statusu. Nabożeństwa w świątyni odprawiał kapłan dojeżdżający z Warszawy.

Zrujnowany budynek został w 1935 rozebrany. Zachowano jedynie filary, które wykorzystano przy budowie nowej świątyni, mniejszej od poprzedniej, zaprojektowanej przez Bogdana Lewandowskiego. Nowa cerkiew, być może z uwagi na nieprzychylny stosunek władz polskich do inwestycji, posiadała już tylko jedną kopułę, a nie, jak poprzedniczka, pięć. Za zgodą parafii nowa świątynia była mniejsza od poprzedniej, a część materiału budowlanego po rozbiórce ruin starszej cerkwi przekazano na budowę szkoły w Pomiechówku. Aleksander Sosna i Piotr Rajecki podają, że świątynię ukończono w 1938, natomiast według Andrzeja Woźniaka jej konsekracja odbyła się cztery lata wcześniej. W tym czasie do cerkwi uczęszczało ok.