Oddziały Ratusz Staromiejski – główna siedziba Muzeum Okręgowego, zlokalizowana w Ratuszu Staromiejskim w centrum Rynku Staromiejskiego. Ratusz budowano w XIII i XIV wieku, dwukrotnie był odbudowywany po atakach wojsk szwedzkich na miasto. W Ratuszu prezentowanych jest dziewięć wystaw stałych: Galeria sztuki gotyckiej, Sala Sądowa, Dawny Toruń. Historia i rzemiosło artystyczne 1233–1793, Sala Mieszczańska z galerią portretu mieszczańskiego XVI - XVIII w., Sala Królewska - Poczet Królów Polskich, Galeria malarstwa polskiego od poł. XVIII do poł. XX w., Sztuka sakralna nowożytnego Torunia, Skarb ze Skrwilna. Złotnictwo świeckie polskie i obce, Mennice i monety toruńskie 1233/1288–1765. Dom Mikołaja Kopernika – muzeum poświęcone Mikołajowi Kopernikowi, założone w 1966 roku. Mieści się w Domu Kopernika przy ul. Kopernika 15/17. Muzeum Historii Torunia w Domu Eskenów – muzeum mieszczące się Domu Eskenów przy ulicy Łaziennej 16. W muzeum prezentowane są eksponaty związane z historią Torunia. Muzeum Sztuki Dalekiego Wschodu w Kamienicy pod Gwiazdą – muzeum prezentujące zbiory pochodzące z Chin, Indii, Japonii, Korei, Syjamu i Wietnamu. Mieści się w Kamienicy pod Gwiazdą przy Rynku Staromiejskim 35, w latach 1967–1969 gruntownie wyremontowanej i przystosowanej do funkcji muzealnej. W 1970 wystawiono ekspozycję pt. Świat Orientu.