Składała się ona z muzealiów podarowanych przez Tadeusza Wierzejskiego. Muzeum Toruńskiego Piernika – muzeum zlokalizowane przy ul. Strumykowej 4 w dawnej fabryce pierników należącej do rodziny Wesse, prezentujące historię europejskiego piernikarstwa. Muzeum Podróżników im. Tony’ego Halika – muzeum poświęcone życiu i dorobkowi Tony’ego Halika i Elżbiety Dzikowskiej oraz historię polskiego i światowego podróżnictwa. Mieści się przy ul. Franciszkańskiej 11. Zostało otwarte 24 stycznia 2003 roku. Eksponaty z wypraw Halika przekazała Elżbieta Dzikowska w 1999 roku. Muzeum Twierdzy Toruń – muzeum otwarte 11 czerwca 2021 roku, mieszczące się w budynku dawnych koszar Bramy Chełmińskiej. Biblioteka Naukowa – biblioteka zlokalizowana przy ul. św. Jakuba 20A, dostępna również dla osób z zewnątrz.
Zbiory thumb|upright|Naczynie do ablucji – fragment Skarbu ze Skrwilna thumb|upright|Fragment stałej ekspozycji zbiorów malarstwa polskiego – obrazy Jacka Malczewskiego W 2011 roku Muzeum Okręgowe w Toruniu liczyło ponad 100 tys. eksponatów. W jej wchodziło ponad 50 tys. numizmatów, 25 tys. dzieł sztuki, 13 tys.