Pierwszy pobyt w Genewie W drodze do Strasburga w 1536 Kalwin zatrzymał się na nocleg w Genewie. Było to od niedawna wolne miasto (przy pomocy Szwajcarów zerwało więzi ze Świętym Cesarstwem Rzymskim) i od zaledwie dwóch miesięcy ośrodek protestantyzmu (pod przywództwem reformatora Wilhelma Farela). Farel przekonał go do pozostania w Genewie, argumentując, że taka jest wola Boga. Młody, bo zaledwie 28-letni Kalwin, od tej chwili na stałe związał swoje życie z tym miastem.
Rozpoczął energiczną reorganizację miejscowego Kościoła – wprowadził cotygodniową komunię. Ponieważ wymagało to według niego zachowania przez wszystkich wiernych surowej dyscypliny moralnej, ustanowił „ciało nadzorcze” (konsystorz genewski), ingerujące we wszystkie aspekty życia mieszkańców i zabraniające wielu rozrywek – jak np. taniec, śpiewanie sprośnych piosenek czy lektura romansów. Nabożeństwa odbywały się w kościołach pozbawionych typowo katolickich ozdób, takich jak obrazy, posągi, sztandary, proporce, ornaty itp. oraz ołtarza.