Centralnym miejscem w kościele reformowanym nie jest już ołtarz a kazalnica, zaś kazanie głównym punktem nabożeństwa.
Kazania trwały około godziny i opierały się na szczegółowej analizie wybranego tekstu Biblii, z nawiązaniem do aktualnych okoliczności i życia Kościoła.
Taka dyscyplina kościelna nie spodobała się niektórym mieszkańcom Genewy (ze stronnictwa libertynów oraz Dzieci Genewy). Po dwóch latach napięcie sięgnęło zenitu, kiedy Kalwin oraz pozostali kaznodzieje odmówili udzielenia sakramentu Wieczerzy Pańskiej osobom wyznającym jawnie poglądy libertyńskie. Rada Miasta uznała, że Kalwin przekroczył swoje uprawnienia i nakazała jemu oraz Farelowi i Viretowi opuszczenie miasta w ciągu dwóch tygodni.
Pobyt w Strasburgu Lata 1538–1541 Kalwin spędził w Strasburgu, gdzie poświęcił się swojej ulubionej pracy naukowej. Jego współpracownikiem został Martin Bucer, którego teza o predestynacji zafascynowała Kalwina. Bucer pomógł także w organizowaniu Kościoła dla uciekinierów protestanckich z Francji. Organizacja ta miała w zamyśle Kalwina odpowiadać zaleceniom Chrystusa. Dla potrzeb Kościoła Kalwin opracował nową liturgię oraz napisał zbiór psalmów (Psałterz genewski).