znaczna część tworzonego niegdyś przez niego wydziału była już wówczas przeniesiona do Wyższej Szkoły Rolniczej w Szczecinie, Sakowicz pozostał jednak w Olsztynie i jeszcze przez rok kierował Instytutem Rybactwa Śródlądowego, do jesieni 1968. Na stanowisku dyrektora Instytutu zastąpił go wówczas profesor Bronisław Dąbrowski.
Po ostatecznym odejściu z pracy w placówkach olsztyńskich Stanisław Sakowicz osiadł w podwarszawskiej Dąbrowie, pozostawał jednak czynny naukowo i utrzymywał kontakt z Olsztynem. Zmarł nagle wiosną 1969, pochowany został na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
Łączny dorobek naukowy profesora Sakowicza liczy 116 pozycji - prac naukowych, popularnonaukowych, skryptów, z czego 89 w okresie powojennym. W końcu lat 40. XX wieku kierował prowadzonymi na szeroką skalę badaniami biologiczno-rybackimi Wisły. Zajmował się też poszukiwaniem przyrodniczych podstaw produkcji rybackiej jezior, czego efektem stała się monografia zespołowa Projekt urządzenia gospodarki rybackiej w jeziorze Tajty;