W czerwcu 1944, po ponownym wejściu Armii Czerwonej do Wilna, Janowicz powrócił do pracy na stanowisku ordynatora chirurgii w szpitalu kolejowym i pozostawał na nim do chwili przymusowego wysiedlenia wraz z innymi tutejszymi Polakami.
W Olsztynie Opuścił Wilno z rodziną w lutym 1945 w czwartym transporcie Polaków; po tygodniowej podróży znalazł się w Białymstoku, gdzie 6 marca tegoż roku został ordynatorem oddziału chirurgicznego szpitala kolejowego. Dwa miesiące później przeniesiono Janowicza służbowo do Olsztyna i powierzono funkcję ordynatora chirurgii trzech szpitali – kolejowego, Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego (polikliniki) i wojewódzkiego (Mariackiego, późniejszy Szpital Miejski). Do jego zadań należało zorganizowanie tych oddziałów, zatrudnienie personelu pomocniczego, starania o sprzęt, narzędzia chirurgiczne, pościel, bieliznę; poza pracą organizacyjną aktywnie wykonywał obowiązki lekarskie. Resort zdrowia powierzył mu funkcję wojewódzkiego konsultanta ds. chirurgii i przewodniczącego zespołu konsultantów;