Dzięki temu zachował swobodę działania.
Jägerstätter krytycznie oceniał stanowisko i działania austriackiego Kościoła w sprawie referendum.
Jägerstätter odmówił też przyjęcia zapomogi na trójkę dzieci wypłacanej w ramach państwowego programu wspierającego rodziny. Sukcesywnie wycofywał się z życia publicznego, by nie być wciąganym w dyskusje polityczne. Odnotował, że ośmiu z dwunastu księży dekanatu, do którego należała jego parafia, zostało aresztowanych przez Gestapo pod zarzutem krytycznych wystąpień wobec władzy „tysiącletniej Rzeszy” podczas kazań. Postawa Jägerstättera nie znajdowała zrozumienia wśród lokalnej społeczności i traktowano go jako dziwaka. thumb|Stolperstein poświęcony Franzowi Jägerstätterowi
Wehrmacht W czerwcu 1940 Franz został powołany do odbycia służby wojskowej w jednostce Wehrmachtu w Enns (lub Braunau) i 17 czerwca tego roku złożył w Braunau am Inn przysięgę na wierność Hitlerowi. Franziska, która kilka tygodni wcześniej urodziła trzecią córkę, zachorowała, a teściowa trafiła do szpitala.