Burmistrz, powiadomiony przez sąsiada Jägerstätterów interweniował u władz i Franciszek po kilku dniach został zwolniony, jako osoba „niezbędna”.
Po drugim wcieleniu do wojska, w październiku 1940, służył w Wehrmachcie przez pół roku, do kwietnia 1941, kiedy to opuścił jednostkę, również po interwencji burmistrza. W okresie pełnienia służby wojskowej zwrócił uwagę na przeprowadzaną w III Rzeszy eutanazję osób chorych psychicznie w ramach akcji T4 i publicznie oświadczył, że więcej nie podejmie służby wojskowej. Jego sprzeciw wynikał z przekonań religijnych. Franz Jägerstätter odrzucał opinie kapłanów i biskupów, którzy doradzali mu zmianę decyzji ze względu na rodzinę lub obowiązek wobec ojczyzny. Uważał, że Niemcom należało stawić opór zbrojny w czasie aneksji Austrii.
Rosalia Jägerstätter, matka Franciszka, bała się o życie syna, więc mobilizowała rodzinę i sąsiadów, by wpłynęli na niego i skłonili do zmiany nastawienia. Franziska początkowo także starała się wpłynąć na zmianę stanowiska: „Na początku usilnie go prosiłam, aby nie wystawiał swojego życia na niebezpieczeństwo. Później jednak, gdy wszyscy dookoła zaczęli spierać się z nim i mu wymyślać, mam na myśli rodzinę, zaprzestałam tego”.