Twardowski nie wyrażał zgody, twierdząc że patronem nie powinno zostawać się za życia.
Pół roku po śmierci duchownego, w marcu 2006, rozpoczęto procedurę i nadano imię ks. Jana Twardowskiego Szkole Podstawowej w Chwaliszewie (pow. krotoszyński). W 2009 jego imię nadano Zespołowi Szkół Specjalnych w Pruszkowie.
W dniu 1 czerwca 2010 roku Narodowy Bank Polski wyemitował monety upamiętniające 95. rocznicę urodzin księdza Twardowskiego o nominałach: 2 zł – wykonaną stemplem zwykłym ze stopu nordic gold, oraz 10 zł – wykonaną stemplem lustrzanym w srebrze.
W maju 2011 Rada Warszawy nadała skwerowi położonemu u zbiegu ulic Karowej i Krakowskiego Przedmieścia nazwę ks. Jana Twardowskiego.
10 października 2013 na skwerze odsłonięto pomnik ks. Jana Twardowskiego. Autorem rzeźby plenerowej wykonanej w brązie jest Wojciech Gryniewicz.
W kościele Wizytek znajduje się niezwykłe epitafium ks. Jana Twardowskiego w formie klęcznika z wyrytym jego ostatnim wierszem napisanym przed śmiercią w szpitalu przy ul. Banacha oraz małą biedronką. W 2015 na fasadzie kamienicy przy ul. Koszykowej 20, w której się urodził, odsłonięto tablicę pamiątkową.