Pod koniec 1916 powróciła na studia historyczne na UJ. Podjęła także działalność w krakowskim kole Ligi Kobiet Galicji i Śląska. W 1918 roku przystąpiła do młodzieżowego koła Polskiej Partii Socjalistycznej.
W 1918 roku Zofia napisała memoriał do Senatu Akademickiego o dopuszczenie kobiet na Wydział Prawa, który specjalna delegacja zaniosła do rektora i dziekana prawa. W przypadku odmownej odpowiedzi planowano „awantury”. Jednak nie było to konieczne.
Po zachorowania na grypę hiszpankę i okresie niemal dwuletniej rekonwalescencji (1919-1921) pracowała na prywatnej pensji w Krakowie i w Pracowni Atlasu Historycznego PAU W 1923 obroniła pracę doktorską poświęconą klasztorowi cysterskiemu w Koprzywnicy, której promotorem był Władysław Semkowicz. W latach 1924–1934 była zatrudniana okresowo na Uniwersytecie Jagiellońskim, m.in. przez pewien czas pracowała w Obserwatorium Astronomicznym. Z UJ związana była do momentu przejścia na emeryturę. Habilitację uzyskała w 1937 roku. W latach 1937–1939 pracowała na stanowisku adiunkta w Katedrze Nauk Pomocniczych Historii UJ. Podczas II wojny światowej prowadziła tajne seminarium w zastępstwie aresztowanego przez Niemców jej mistrza W.