Po południu kolejna grupa jedwabieńskich Żydów została również wyprowadzona z rynku. W grupie tej znajdowały się osoby w różnym wieku, zarówno mężczyźni, kobiety i dzieci. Ludzi tych polscy mieszkańcy Jedwabnego wprowadzili do drewnianej, krytej strzechą stodoły znajdującej się za miastem, a następnie stodołę zamknęli, oblali naftą i podpalili. Pojawiały się pojedyncze relacje, że zdarzenie to dokumentowali fotograficznie Niemcy, jednak zdjęć takich nie odnaleziono. Według ustaleń śledztwa IPN zabójstwo to zostało zaplanowane i dokonane przez polskich cywilnych mieszkańców Jedwabnego i okolicznych miejscowości, w liczbie około 40 mężczyzn uzbrojonych w kije, orczyki i inne narzędzia. Zbrodni dokonano z niemieckiej inspiracji – niemieccy żandarmi i funkcjonariusze SD znajdowali się tego dnia w mieście i swoją obecnością przyzwalali na dokonanie morderstwa.
Jeden z oskarżonych o współudział w zbrodni, Jerzy Laudański, tak opisał w swych zeznaniach dalsze wydarzenia: