W czasie II wojny światowej zajmował się krytyką muzyczną, prowadził też klasę kompozycji w École Normale de Musique w Paryżu. W latach 1930–1950 napisał pięć symfonii. Najbardziej znana jest trzecia, powstała zaraz po zakończeniu wojny (w 1946 roku) – Symphonie liturgique. Trzy części tej kompozycji przypominają łacińską mszę (Dies Irae, De profundis clamavi i Dona nobis pacem). Oczywisty kontrast przedstawia czwarta symfonia – Deliciae Basilienses (Przyjemności w Bazylei), w której kompozytor opiewa dni wyzwolenia spędzone w Bazylei.
Honegger był powszechnie znany jako miłośnik kolejnictwa – pewnego razu powiedział: „Zawsze gorąco kochałem lokomotywy. Są dla mnie żywymi stworzeniami i kocham je jak niektórzy kochają kobiety lub konie”. Jego dzieło PACIFIC 231 (muzyczne odtworzenie dźwięków lokomotywy) już w roku 1923 zyskało wielką popularność.
W 1954 roku odznaczony został Legią Honorową w stopniu wielkiego oficeraArthur Honegger (19800035/166/21397). Archives nationales. Site de Paris (www2.culture.gouv.fr)..
Ostatnie dzieło – Kantatę Bożonarodzeniową – napisał w roku 1953.