Czas przebyty w stanie nieczynnym od 28 listopada 1922 do 30 listopada 1927 i od 26 marca 1928 do 10 lipca 1930 został mu zaliczony do służby wojskowej. 14 grudnia 1931 został mianowany na stopień podpułkownika ze starszeństwem z 1 stycznia 1932 i 1. lokatą w korpusie oficerów piechoty. Z dniem 31 stycznia 1932 został przeniesiony do rezerwy z równoczesnym przeniesieniem w rezerwie do 85 pułku piechoty w Nowej Wilejce.
Janusz Jędrzejewicz charakteryzował Kościałkowskiego w następujący sposób:
Działalność polityczna thumb|Marian Zyndram-Kościałkowski W 1922, na polecenie Piłsudskiego, wstąpił do PSL „Wyzwolenie”. Wkrótce został wiceprezesem tego ugrupowania (pełnił tę funkcję do 1925). W tym czasie uzyskał mandat parlamentarny i został posłem na Sejm z ziemi wileńskiej. Był członkiem parlamentu nieprzerwanie do 1939.
Od początku lat 20. XX wieku był członkiem loży masońskiej „Tomasz Zan”.
W kwietniu 1925 był jednym z współzałożycieli Klubu Pracy (jego najbliższymi ówczesnymi współpracownikami byli Kazimierz Bartel, Jerzy Barański, Eugeniusz Śmiarowski i Bolesław Wysłouch).