W 1928 został ponownie wybrany w skład Sejmu (z okręgu wileńskiego i tzw. listy państwowej), w marcu tego roku został także wiceprezesem nowo utworzonego Bezpartyjnego Bloku Współpracy z Rządem (funkcję tę sprawował do maja 1930). W czerwcu Partia Pracy połączyła się ze Związkiem Naprawy Rzeczypospolitej, tworząc Zjednoczenie Pracy Wsi i Miast. Nowe ugrupowanie weszło w skład BBWR, zachowując jednak swój autonomiczny charakter. Kościałkowski został prezesem Zjednoczenia. Wkrótce jednak popadł w konflikt z byłymi członkami Związku Naprawy Rzeczypospolitej, którzy pragnęli większej samodzielności ugrupowania i uniezależnienia się od władzy kierownictwa BBWR. W grudniu 1929 Kościałkowski ustąpił ze stanowiska prezesa Zjednoczenia. W styczniu 1930 doszło do rozłamu – reaktywowano dawną Partię Pracy. W jej działalności Kościałkowski nie brał już jednak udziału, poświęcając się działalności w aparacie państwowym.