Konflikt relacjonował także pogański autor Eunapios. Zarówno Sokrates, jak i Eunapios informują o zburzeniu świątyni, ale obaj milczą na temat zbiorów biblioteki. Nie wiadomo jak wielki był księgozbiór w tym czasie i czy w ogóle znajdował się Serapejonie. Paweł Orozjusz (Historia przeciw poganom VI,15,32) wzmiankuje o szafach do przechowywania ksiąg, które znajdowały się w różnych świątyniach aleksandryjskich.. W 415 roku po drodze na synod w Diospolis teolog odwiedził Aleksandrię, po czym zrelacjonował, że wspomniane szafy miały zostać opróżnione i zniszczone przez naszych ludzi w naszych czasach. Wzmianka ta może sugerować zniszczenie zbiorów Serapejonu przez chrześcijan ćwierć wieku wcześniejD. Rohmann, Christianity, Book-Burning and Censorship in Late Antiquity. Jednym z ostatnich intelektualistów, który pracował w instytucji, był matematyk i filozof Teon z Aleksandrii (zm. 405) – informacja o tym zawarta jest w Księdze Suda.
Chronicon Syriacum z XIII stulecia autorstwa biskupa syryjskiego Grzegorza Bar Hebraeusa (Abu al-Faradż) podaje, że ostatnie rękopisy zaginęły w VII–VIII wieku podczas ekspansji arabskiej, jednak dokładnych danych na ten temat nie ma.