Po krótkim dochodzeniu został oczyszczony z zarzutów, powrócił do Kanady i ponownie objął opuszczone stanowisko. Do jego obowiązków należało przygotowywanie wszystkich oficjalnych dokumentów i ogólne nadzorowanie kancelarii. W czasie swej drugiej kadencji, podobnie jak jego dawny szef, odnosił się przyjaźnie do francuskojęzycznych Kanadyjczyków, solidaryzując się z nimi. Z czasem wyrósł on na jedną z najpopularniejszych osobistości administracji kolonialnej i zaangażował się w wielotorową, społeczną, kulturalną i polityczną działalność w swej kolonii.
W czasie rebelii w 1837, Daly roztropnie unikał wszelkich komentarzy i zaangażowania w bieg wypadków. Dzięki temu przez obie strony – konserwatystów i reformistów był postrzegany jako ich człowiek. Także i władze kolonialne dążyły go zaufaniem, czego najlepszym dowodem był fakt, iż po czystkach jakie dotknęły lokalne urzędy po rebelii, był jedynym z wyższych urzędników, jaki pozostał na swoim stanowisku.
Daly, podobnie jak jego kontrpartner z Górnej Kanady Samuel Harrison, brał także czynny udział w przygotowywaniu raportu Durhama, który stał się podstawą dla utworzenia nowej kolonii (w miejsce dwóch Górnej i Dolnej Kanady) znanej jako Prowincja Kanady.