Właśnie w trakcie wizytacji, dnia 19 lipca 1698 dowiedział się o jego desygnowaniu przez króla Augusta II na biskupa bakowskiego.

Stosownej nominacji król udzielił liczącemu sobie wówczas 49 lat zakonnikowi dnia 17 lipca 1698. W Rzymie kandydatura byłego prowincjała, wychowanka rzymskiego Kolegium św. Bonawentury, spotkała się z przychylnym przyjęciem i już 24 listopada 1698 papież Innocenty XII udzielił mu prekonizacji. Sakra Biegańskiego odbyła się w początkach roku 1699. Dnia 11 marca tr., już po konsekracji, otrzymał on od króla probostwo radoszyckie w Opoczyńskiem, prócz którego posiadał trzy inne probostwa na Rusi, nadane jako uposażenie jeszcze jego poprzednikowi w godności biskupa bakowskiego, dominikaninowi Amandowi Wiktorynowi Cieszejce (Czeszejce). Były to mianowicie parafie Brody, Dąbrowa i Parafia Ostróg, z którą to ostatnią miał pozostać szczególnie blisko związany do końca swych dni. Tam właśnie na stałe zamieszkał jako biskup, w lecie 1705 r. uchronił to miasto przed grabieżą ze strony wojsk kozackich hetmana Iwana Mazepy, tu też sporządził swój testament i został pochowany. Za jego proboszczowania świątynia w Ostrogu doświadczyła w r. 1707 włamania i kradzieży, których dopuściła się prawdopodobnie stacjonująca wówczas w okolicy piechota rosyjska. W r.