Od 1930 roku prowadził wykłady języka tureckiego w Szkole Nauk Politycznych w Wilnie (był autorem słownika oraz skryptów dla słuchaczy), należał do Polskiego Towarzystwa Orientalistycznego (był w 1935 roku jego wiceprezesem), współpracował z Komisją Orientalistyczną Polskiej Akademii Umiejętności oraz Towarzystwem Przyjaciół Nauk w WilnieRyszard Jadczak, Z prac I wydziału Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Wilnie, „Przegląd Humanistyczny” 1999, nr 6, s. 156, 162. Szapszał był autorem pierwszej w Polsce gramatyki języka tureckiego.
Podczas okupacji sowieckiej w latach 1940–1941 pozostał na Wileńszczyźnie, gdzie objął 1 lutego 1941 roku kierownictwo Muzeum Karaimskiego w Trokach. Zrezygnował wówczas z godności hachana, ale po wkroczeniu Niemców zaczął de facto ponownie pełnić obowiązki zwierzchnika duchowego Karaimów.
Po 1945 roku pozostał w Wilnie. Mimo że starał się o pozwolenie na wyjazd do Polski, nie otrzymał zgody. Od 1947 roku zatrudniony jako profesor w Instytucie Historycznym Akademii Nauk Litewskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej.