Po 1990 roku jego kariera kompozytorska znacznie się rozwinęła. Desplat skomponował muzykę do wielu produkcji telewizyjnych, krótkometrażowych, reklam telewizyjnych. Pisał także do filmów kinowych. W 1994 r. nawiązał współpracę z reżyserem Jakiem Audiardem przy jego debiucie reżyserskim Patrz na upadających mężczyzn (Regarde les hommes tomber). Współpracę z Audiardem Desplat kontynuuje do dzisiaj. Napisał muzykę do kolejnych sześciu filmów reżysera. W 1996 r. współpracował z reżyserką Marion Vernoux przy filmie Love, etc. w późniejszym czasie komponując muzykę do jej trzech kolejnych filmów. W 1996 r. otrzymał także swoją pierwszą nominację do Cezara za muzykę do filmu Wielce skromny bohater Audiarda. W 1998 r. skomponował muzykę do filmu Une minute de silence Florenta Emilia Siriego, z którym także nawiązał długotrwałą współpracę (cztery kolejne fillmy reżysera). Kompozycje te umocniły pozycję Desplat we francuskim przemyśle filmowym.