Był też wielkim fizykiem i na długo przed Kantem i Laplacem wysunął mgławicową hipotezę ukształtowania się planet i słońca. Jego teoria światła i teoria kosmicznych atomów były równie zadziwiające. Opisał także zjawisko fosforescencji i przedstawił cząsteczkową teorię magnetyczną, która już wtedy zawierała kilka głównych elementów hipotez z początku XX wieku.
Wielki francuski chemik, Jean-Baptiste Dumas, wyraził uznanie dla Swedenborga za pierwszą próbę stworzenia systemu krystalografii. Swedenborg jako pierwszy użył rtęci w pompie powietrznej i wymyślił metodę określania długości geograficznej na morzu przez obserwację księżyca pośród gwiazd. Zasugerował użycie doświadczalnych zbiorników do testowania mocy modeli statku, wynalazł tubę słuchową dla głuchych, ulepszył typowy w swoim kraju rodzaj pieca, interesował się bronią maszynową, sporządził nawet szkic maszyny latającej.