Szybko zyskał sławę jako katolicki teolog-polemista. Jego pisma będące owocem polemik z polskimi i niemieckimi ewangelikami odznaczały się erudycją, ciętością języka oraz kunsztowną łaciną. Hozjusz stał na gruncie ortodoksji katolickiej i bronił papiestwa. Dlatego też był przeciwnikiem liturgii w językach narodowych, posuwając się do zachwalania ignorancji ludu jako rzeczy pożytecznej, sprzyjającej pobożności (Godzi się li laikom…). Historycy Kościoła i teologowie zachodni oceniają, że Hozjusz nie był wybitnym teologiem, za to był zdolnym i pracowitym organizatorem. Wszystkie swoje działania w Polsce kierował przede wszystkim przeciwko reformacji, którą uważał za wielkie zło. O swoich oponentach nie potrafił myśleć dobrze – uważał, że protestanci są inspirowani przez diabła. Sprawców napaści na kościół ewangelicki w Krakowie (Tumult krakowski) pochwalił słowami: Czego nie śmiał ani król, ani biskupi to zrobić się ośmielili studenci akademii krakowskiej, godni wiekuistej pamięci, których chwałę cały Kościół sławić będzie.