Na synodzie piotrkowskim w 1551 nakłonił biskupów polskich do zaprzysiężenia ułożonego przez siebie Confessio fide catholicae Christiana (Wyznanie wiary katolickiej), które ukazało się drukiem po raz pierwszy w 1553 i jeszcze za życia autora doczekało się 30 wydań i wielu tłumaczeń. Confessio posiadało ważne znaczenie doktrynalne, gdyż sformułowało program odnowy w Kościele katolickim. Najważniejsze jego dzieła, takie jak Dialogus de eo num calicem laicis, uxores sacerdotibus permitti, ac divina officia vulgari lingua peragi fas sit (Dilinga 1558), De expresso Dei verbo… (Dilinga 1558), Confutatio "Prolegomenon" Brentii (Kolonia 1660) cieszyły się wielką poczytnością w całej Europie i osiągały znaczne ilości wydań, zwłaszcza w Niemczech i Francji. Dzieła te zostały przetłumaczone na język polski i wydane staraniem wydawnictwa Hosianum (Olsztyn, 2000). Prowadził polemiki z protestantami, zwłaszcza w Prusach (Toruń, Elbląg, Braniewo, Gdańsk). Uparcie zwalczał poglądy Andrzeja Frycza Modrzewskiego i przez interwencję Hozjusza pierwsze wydanie dzieła De Republica emendanda ukazało się bez dwóch najcenniejszych ksiąg.