Hozjusz posunął się nawet do tego, że zorganizował nieudany zamach na Frycza (Frycz uskarża się na to w swym dziele "O Kościele księga druga").

W 1558 wyjechał do Rzymu, gdzie w kurii papieskiej, a następnie jako nuncjusz w Wiedniu (1560–1561) zabiegał o wznowienie soboru powszechnego. Był jednym z pięciu legatów papieskich na ostatnią sesję soboru trydenckiego i przewodniczył obradom soborowym. Na soborze był zdecydowanym przeciwnikiem ustępstw na rzecz protestantów i bronił pozycji Stolicy Apostolskiej.

Kardynał thumb|Medal Hozjusza z ok. 1561 mały|Tablica upamiętniająca Stanisława Hozjusza na budynku założonego przez kardynała w 1565 Collegium Hosianum w Braniewie, pierwszego na ziemiach polskich seminarium kształcącego przyszłych księży W 1561 kreowany przez Piusa IV kardynałem, a w 1565 był nawet na konklawe jednym z liczących się kandydatów do tiary papieskiej. W kraju bezgraniczne oddanie papiestwu naraziło go na silną krytykę szlachty i niechęć króla. Nobilitację uzyskał dopiero w 1562. Wraz z nuncjuszem Giovannim Francesco Commendonim dążył do zreformowania w duchu uchwał trydenckich kościoła w Polsce. W 1564 na sejmie w Parczewie przyczynił się do przyjęcia uchwał trydenckich przez króla i senat.