Przeciwstawiał się planom prymasa Jakuba Uchańskiego myślącego o utworzeniu kościoła narodowego.
W diecezji warmińskiej odbył w 1565 synod diecezjalny w Lidzbarku, zrewidował statuty kapituły, a w latach 1565–1572 przeprowadził wizytację generalną diecezji – pierwszą wizytację potrydencką na ziemiach polskich. W 1565 sprowadził do Braniewa jezuitów, którzy przejęli pofranciszkańskie obiekty i zorganizowali kolegium, a następnie seminarium duchowne. W 1566 po sekularyzacji metropolii ryskiej wystarał się dla diecezji warmińskiej o przywilej egzempcji. Jako prezes stanów pruskich odgrywał znaczącą rolę polityczną. Był zwolennikiem centralistycznej polityki Zygmunta Augusta, choć zraził do siebie miasta i część szlachty pruskiej. W 1566 stał na czele pierwszej komisji mającej opracować kodyfikację prawa chełmińskiego.
W latach 1569–1579 przebywał w Rzymie. Prowadził starania o spadek po królowej Bonie. Był członkiem kilku dykasterii rzymskich (Kongregacji dla Spraw Niemieckich, Kongregacji Soboru), a w 1574 został penitencjariuszem większym. Uzyskał w Rzymie kościół, który pod wezwaniem św. Stanisława służy jako świątynia polska w Rzymie oraz ufundował przy nim hospicjum przyjmujące pielgrzymów z Rzeczypospolitej.