Zmarł 5 sierpnia 1579 w Capranice pod Rzymem; pochowany w bazylice Najświętszej Maryi Panny na Zatybrzu w Rzymie.
Beatyfikacja Niedługo po śmierci rozpoczęto starania o jego beatyfikację. Formalny proces został wszczęty w 1923 przez diecezję chełmińską, a następnie w 1975 przejęty przez diecezję warmińską. Rewizja teologiczna pism Hozjusza trwa od 1978, a w 2006 w Olsztynie wznowiono jego proces beatyfikacyjny i ustanowiono trybunał na szczeblu diecezjalnym.
Upamiętnienie Kardynał Stanisław Hozjusz jest patronem ulic w Warszawie, Olsztynie i Braniewie. Jego nazwisko nosi też Wyższe Seminarium Duchowne Metropolii Warmińskiej Hosianum.
Kontrowersyjne poglądy Hozjusza Pismo św. bez autorytetu Kościoła ma rangę równą bajkom Ezopa. (O powadze Pisma św., s. 210) Hozjusz był przeciwnikiem tłumaczenia Biblii na język polski, gdyż według niego pożyteczniejsza jest ignorancja ludu, a nie znajomość Biblii. Uważał, że język polski nie nadaje się do przełożenia Pisma św. (Godzi li się laikom…, s. 84-87) Wieść o masakrze protestantów w noc św. Bartłomieja w Paryżu sprawiła mu niewysłowioną rozkosz – szczególnie wieść o zamordowaniu admirała de Coligny. (The New Schaff – Herzog Encycopedia of Religious Knowledge,vol. 5c, s.