Modernizowali też armię ugandyjską i szkolili jej oficerów.
Sztab operacyjny pod kierunkiem z Mosadu (wcześniej członka misji w Ugandzie) opracował cztery propozycje opanowania lotniska, między innymi przez komandosów przebranych za palestyńskich bojowników uwolnionych rzekomo dzięki spełnieniu żądań terrorystów, spadochroniarzy lądujących w Jeziorze Wiktorii, komandosów jako żeglarzy jachtowych z Nairobi oraz szturmu dużą grupą uderzeniową.
Wybrano czwarty wariant. W operacji „Piorun” miało uczestniczyć pięć samolotów transportowych C-130 Hercules (jeden był rezerwowy) i dwa samoloty Boeing 707 Sił Powietrznych Izraela. Jeden Boeing został zamieniony w centrum medyczne, drugi miał służyć jako centrum łączności.
Termin wygaśnięcia ultimatum zbliżał się, a rząd izraelski odwlekał wydanie zgody na rozpoczęcie akcji wojskowej. W takiej sytuacji wydano samolotom rozkaz startu w kierunku Ugandy, zastrzegając, że jeśli do określonej godziny nie otrzymają umówionego sygnału, mają zawrócić do Izraela. Dało to rządowi więcej czasu do namysłu. Samoloty wystartowały z bazy Ophira International Airport (dziś port lotniczy Szarm el-Szejk) na południowym krańcu półwyspu Synaj, będącego wówczas pod okupacją Izraela. Baza ta była najdalej na południe wysuniętym miejscem, z którego mógł odbyć się start.