Operacja Piorun 3 lipca o godz. 13:20 wszystkie herculesy znajdowały się w powietrzu, zmierzając w kierunku Entebbe. Samoloty po przelocie nad Szarm el-Szejk leciały nad Morzem Czerwonym na wysokości nieprzekraczającej 30 m, aby zapobiec wykryciu przez radary sił powietrznych państw arabskich: Egiptu, Sudanu i Arabii Saudyjskiej. Na południe od Dżibuti, przez Somalię i Ogaden, wykorzystując potem także Wielki Rów Wschodni, pod osłoną nocy skierowały się w stronę Entebbe, przelatując w końcu nad Jeziorem Wiktorii, nad brzegiem którego leży to lotnisko. Boeingi wystartowały z Izraela później od herculesów, ze względu na większą prędkość przelotową. Na ziemi w wydarzeniach na lotnisku w Entebbe wzięły udział cztery herculesy. Medyczny Boeing wylądował o godz. 22:25 w Nairobi (stolicy Kenii) i tam oczekiwał na powrót grupy uderzeniowej. Drugi Boeing w trakcie całej akcji krążył nad lotniskiem Entebbe. Na jego pokładzie znajdował się dowódca operacji, generał major . Jego zastępcą był generał Mattan Wilnaj.