Kościół był kilkakrotnie przebudowywany. W XI-XII w. rozpoczęto prace nad dwiema romańskimi wieżami po stronie zachodniej. Jednak wieża południowa nie została wtedy ukończona z powodu problemów technicznych. W 1320 za czasów opatki Jutty von Kranichfeld przebudowano chór wysoki w stylu gotyckim. W latach 1863–82 przeprowadzono kompleksowe prace restauracyjne pod kierunkiem Ferdinanda von Quasta. Wtedy też, w 1882 roku, dobudowano wieżę południową. Obydwie wieże otrzymały wtedy reńskie kopuły.
W latach 1938–40 przeprowadzono rekonstrukcję wnętrza romańskiego chóru niszcząc oryginalne gotyckie sklepienie z XIV wieku. W okresie 1938-45 kościół pozostawał zajęty przez oddziały SS Heinricha Himmlera, który uważał się za powtórne wcielenie króla Henryka I Ptasznika: "Heinrich Himmler, der sich als reinkarnierter König Heinrich I. sah, trieb den Heinrichskult in Quedlinburg kräftig voran.", co w wolnym tłumaczeniu na polski brzmi: “Heinrich Himmler, który uważał się za reinkarnację króla Henryka I, propagował kult Henryka w Quedlinburgu”. Propaganda nazistowska rozpowszechniała informacje o odnalezieniu zaginionych przez wieki szczątków króla Henryka I, które ponownie złożono do grobu. Powojenne badania domniemanego szkieletu Henryka I wykazały fałszerstwo.