W obrębie miasta na linii nr 131 zasadniczo prowadzony jest ruch pociągów pasażerskich a na linii nr 201 ruch towarowy (obie linie mają przebieg południkowy). Linia nr 18 umożliwia natomiast ruch pociągów w kierunku wschód-zachód-południe. Wszystkie linie na terenie miasta są zelektryfikowane, z wyjątkiem linii nr 209 i 356.
Trasa łącząca Bydgoszcz z Toruniem bywa określana jako linia SKM pod nazwą BiT-City. Historia
Historia kolei w Bydgoszczy sięga 1851, kiedy doprowadzono do miasta Pruską Kolej Wschodnią z Krzyża. Linię tę przedłużono w następnych latach do Tczewa i Królewca. W 1862 zbudowano Kolej Warszawsko-Bydgoską, a w latach następnych kilka linii o znaczeniu lokalnym. W 1895 w ciągu linii wiodącej do Chełmży powstał najdłuższy w Niemczech most kolejowo-drogowy w Fordonie. W latach 1929–1930 zbudowano bydgoski odcinek magistrali węglowej – największej inwestycji komunikacyjnej II Rzeczypospolitej, a w 1936 zlokalizowano w mieście zarząd Francusko-Polskiego Towarzystwa Kolejowego S.A. zajmującego się budową i eksploatacją tej linii. W okresie 1965–1989 zelektryfikowano główne linie kolejowe przebiegające przez miasto. Kolej stanowiła w historii Bydgoszczy istotny czynnik miastotwórczy.