W konspiracji od października 1939 w SZP-ZWZ na Zamojszczyźnie. W 1941 wyjechał do Warszawy, przechodząc z ZWZ do Narodowej Organizacji Wojskowej, gdzie mianowano go komendantem Okręgu Stołecznego NOW w stopniu majora, pod pseudonimem „Wiesław”. W lutym 1942 dokonał rozłamu w NOW przechodząc z częścią okręgu w skład Armii Krajowej. Powołano go wówczas na szefa Wydziału Artylerii Oddziału III Operacyjnego Komendy Głównej AK. W listopadzie 1942 mianowany podpułkownikiem.
W powstaniu warszawskim od 3 sierpnia w rejonie Al. Ujazdowskich i placu Trzech Krzyży, początkowo bez przydziału dowodził zgrupowaniem „Sławbor”, zaś od 22 sierpnia dowodził „Podobwodem Śródmieście Południowe”. 20 września 1944 został powołany na dowódcę 72 pułku piechoty AK 28 Dywizji Piechoty AK im. Stefana Okrzei Warszawskiego Korpusu AK. Awansowany do stopnia pułkownika.
Po kapitulacji nie poszedł do niewoli (uciekł z kolumny prowadzonej do Ożarowa) i działał w konspiracji. Od października 1944 dowódca Obszaru Zachodniego Armii Krajowej, a następnie organizacji „NIE”. Od kwietnia 1945 był Delegatem Sił Zbrojnych na Obszar Zachodni, a następnie współzałożycielem Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość i prezesem Obszaru Zachodniego WiN pod pseudonimem „Cios”.