Jego wybór był postrzegany na Zachodzie jako sukces polityczny Niemiec (choć „The New York Times” określił elekta „rosyjskim Polakiem”), a wycofanie się przez Ledóchowskiego do rodowego zamku Zizers w Szwajcarii na wieść o przystąpieniu Włoch do wojny po stronie ententy w 1915 wzbudziło podejrzenia wśród służb francuskich i angielskich. Według Davida Kertzera Ledóchowski został wówczas wydalony jako obywatel wrogiego państwa. W okresie I wojny światowej Ledóchowski kierując się interesami Kościoła katolickiego okazywał jednak poparcie dla Francji, a w 1916 był obecny przy złożeniu przez przedstawiciela dyplomatycznego Rosji propozycji przymierza z Watykanem i wyraził zainteresowanie zbliżeniem katolicyzmu i prawosławia.

Ledóchowski jeszcze przed 1915 był doradcą Stolicy Apostolskiej do spraw Rosji. W 1922 Pius XI w liście do Ledóchowskiego powierzył funkcjonujący od 1917 Papieski Instytut Wschodni jezuitom. Przekazał w ich ręce także powołane w 1929 , którego zadaniem było przygotowanie do konwersji Rosji po spodziewanym upadku rządu radzieckiego.