Stegosaurus ungulatus, „zadaszony jaszczur kopytny”, nazwany również przez Marsha w 1879 dzięki szczątkom z Como Bluff w Wyoming. Jego materiał obejmuje kilka kręgów i płyt. Mierząc 9 m, był największym gatunkiem swego rodzaju. Znaleziony w Portugalii okaz z górnego kimerydu-dolnego tytonu także przypisano temu gatunkowi.
Susannah Maidment i współpracownicy w 2008 zaproponowali wprowadzenie dużych zmian w taksonomii rodzaju, sugerując synonimizację S. stenops i czasami uznawanego za pewny gatunek S. ungulatus z S. armatus, a także włączenie hesperozaura i wuerhozaura do rodzaju Stegosaurus. Typowe gatunki tych rodzajów stałyby się więc odpowiednio Stegosaurus mjosi i S. homheni. S. longispinus uznali zaś za nomen dubium. Wedle ich koncepcji rzeczony rodzaj obejmowałby 3 pewne gatunki (S. armatus, S. homheni, and S. mjosi), a jego przedstawiciele zamieszkiwaliby późnojurajskie Europę i Amerykę Północną oraz wczesnokredową Azję.
Nomina dubia Stegosaurus affinis, opisany przez Marsha w 1881, znany jedynie z kości miednicznej. Uznawany za nomen dubium, prawdopodobnie stanowi synonim S. armatus.