Stegosaurus seeleyanus, określony pierwotnie jako Hypsirophus, prawdopodobnie nie różni się od S. armatus. Stegosaurus (Diracodon) laticeps opisany przez Marsha w 1881 dzięki pewnym fragmentom szczęk. Nieraz uważa się S. stenops za gatunek rodzaju Diracodon, kiedy indziej Diracodon uznaje się za gatunek stegozaura. Robert Bakker wskrzesił D. laticeps w 1986, choć inny badacze uznają materiał za niediagnostyczny, a nazwę prawdopodobnie za synonimiczną w stosunku do S. stenops. Stegosaurus armatus, co znaczy „zadaszony jaszczur uzbrojony”, to pierwszy znaleziony gatunek, znany z dwóch niepełnych szkieletów, dwóch niepełnych czaszek i co najmniej trzydziestu fragmentarycznych osobników. Jego ogon wieńczyły cztery horyzontalnie ułożone kolce, pokrywały go względnie małe płyty.
Gatunki przeniesione Stegosaurus longispinus, „zadaszony jaszczur długokolcy”, nazwany tak przez Gilmore’a i znany z jednego niekompletnego szkieletu z formacji Morrison z Wyoming. Cechował się zestawem czterech niezwykle długich kolców. Jak S. stenops, osiągał długość 7 m. Galton i Carpenter (2016) ustanowili go gatunkiem typowym odrębnego rodzaju Alcovasaurus, natomiast Costa i Mateus (2019) przenieśli ten gatunek do rodzaju Miragaia.