Wskutek działań Gilberta w czerwcu 1568 miało miejsce pierwsze powstanie Desmondów z Fitzgeraldami, hrabiami Desmond, którzy mieli pod kontrolą większą część obszarów Munsteru. Sidney zlecił wówczas Gilbertowi zadanie pojmania Jamesa Fitzmaurice'a Fitzgeralda, przywódcę buntowników i pobożnego katolika sprzeciwiającego się interwencji protestanckiej armii Elżbiety I w Irlandii. Nie pozwolił się złapać i chronił się w górach, wybierając walkę partyzancką, Gilbert zaś przez cały czas dewastował posiadłości Desmondów. Sprawował już wówczas urząd gubernatora Munsteru. W grudniu 1569 otrzymał od Sydneya tytuł szlachecki. Owo wydarzenie odbyło się w świeżo zajętym przez Gilberta obozie wroga wśród rzeszy poległych obrońców.

Humhrey Gilbert nadał swym kampaniom brutalny i krwawy charakter, stawiając sobie za najważniejszy cel wzbudzenie ogromnego strachu wśród irlandzkich buntowników. Dążył do tego, by tak obniżyć morale przeciwnika, by sam widok angielskiej armii zmniejszał im chęć oporu. Gilbert nie korzystał w ogóle z armat, polegając na takiej taktyce, wykazywał się odwagą i męstwem w walkach, a w ciągu trzech tygodni zajął w regionie Kerry prawie 40 zamków, których załogi obronne kapitulowały często po krótkiej walce.