W 1639 r. inne ważne wydarzenie zmieniło życie sekretarza. Umarł wówczas jego wieloletni patron – Aleksander Korwin Gosiewski. Jan Kunowski zebrał wszystkie swoje utwory poświęcone zmarłemu, spisując je i dedykuje synowi opiekuna – Krzysztofowi Korwinowi Gosiewskiemu. Wówczas również działał na forum szlacheckim. Jako ewangelik reformowany zaangażował się w działania Jednoty Litewskiej. Trzykrotnie pełnił funkcję świeckiego dyrektora synodu prowincjonalnego (1639, 1649, 1654). Ponadto trzykrotnie był wybierany deputatem do Trybunału Głównego Wielkiego Księstwa Litewskiego: pierwszy raz w 1621 r. z powiatu mozyrskiego, drugi w 1636 r. ze Smoleńska i trzeci raz w 1651 r. z powiatu lidzkiego.
Dzieła autorstwa Jana Kunowskiego. Odsiecz smoleńska, 1617 Na starożytne domowstwa Jego Mci Pana Gosiewskiego herby., 1617 Ekspedycyja inflantska, 1621 Smoleńska zacność, 1628 Fragment oblężenia smoleńskiego, 1632 Na angaryją oblężenia smoleńskiego uskarżenie, 1633 Na moskiewskie manubye czasu odsieczy, 1634 Na triumf królewski z odsieczy smoleńskiej, 1634 Pakta moskiewskie i śmierci wojewody smoleńskiego przyczyna, 1640 Lament, 1640 Nagrobek temuż, 1640 Między cudami świata, 1640 Nie masz Gosiewskiego Aleksandra, 1640