Zakończenie wojny z Moskwą radykalnie zmieniło pozycję Jana Kunowskiego. Przy protekcji Aleksandra Gosiewskiego, otrzymał urząd sekretarza królewskiego. Z drugiej strony sejm uporządkował strukturę aneksów wschodnich. W 1635 r. księstwo czernihowskie przekształcono w województwo z dwoma powiatami (czernihowskim i nowogródzko-siewierskim). W powiatach urzędowali starostowie grodowi. W Czernihowie starostwo z urzędu przypadało wojewodzie. W taki sposób Kunowski stracił swoją godność, co najprawdopodobniej skłoniło go do pełnego zaangażowania się w działalność na dworze królewskim jako sekretarza. Był tam przez króla Władysława IV Wazę wykorzystywany jako specjalista od spraw moskiewskich. Najważniejszym dokonaniem była misja poselska do Moskwy z 1636 r. Miała ona na celu doprowadzenie do wyznaczenia w terenie linii granicznej i wybadanie nastrojów panujących w stolicy moskiewskiego państwa.