Tröger dowodził EK 16 z Gdańska, lecz niemal od samego początku jednostka funkcjonowała w trzech odrębnych oddziałach: Jednostka w Gdyni, dowodzona przez SS-Hauptsturmführera Friedricha Classa; Jednostka w Toruniu, dowodzona przez komisarza kryminalnego (Kriminalkommissar) Hansa-Joachima Leyera; Jednostka w Bydgoszczy, kierowana przez radcę kryminalnego (Kriminalrat) Jakoba Lölgena.
Od 14 września 1939 r. Einsatzkommando 16 przekazywało raporty dzienne do referatu operacji „Tannenberg” w RSHA w Berlinie i było mu podporządkowane organizacyjnie. Niemniej jednak, nie bez powodu (w przeciwieństwie do innych Einsatzgruppen) określano EK 16 mianem jednostki „samodzielnej”. W atmosferze panującego wciąż na Pomorzu chaosu, Berlin miał dość ograniczoną możliwość bezpośredniego sterowania działaniami EK 16, stąd wydaje się, że większość poleceń Tröger otrzymywał od gauleitera Forstera oraz dowódcy SS i policji na Pomorzu, SS-Gruppenführera Richarda Hildebrandta.
Działalność Einsatzkommando 16