Koordynował z ramienia Okręgu AK Kraków obserwację rozpoczętych w listopadzie 1943 niemieckich prób z bronią rakietową V-2 na poligonie w Bliźnie.
5 sierpnia 1944 Pieńkowski, w stopniu kapitana, wziął udział jako tłumacz komendanta Podokręgu AK Rzeszów płk. Kazimierza Putka w ceremonii powitalnej i konferencji z przedstawicielem Armii Czerwonej w kwaterze sowieckiej w Hotelu Udziałowym przy ul. Grottgera w Rzeszowie, a 6 sierpnia, po wręczeniu o godz. 15 pisemnego protestu swojego dowódcy, reprezentował władze AK podczas składania broni przez miejskie oddziały wartownicze AK na dziedzińcu starostwa powiatowego przy ul. 3 Maja o godz. 19. Od sierpnia 1944 pełnił funkcję referenta do spraw politycznych w Komendzie Podokręgu AK Rzeszów.
Awansowany na majora 1 stycznia 1945. Po aresztowaniu płk. Putka w nocy 12/13 grudnia 1944 przez kontrwywiad 1 Frontu Ukraińskiego Pieńkowski ogłosił się 13 stycznia 1945 jego następcą, powołując się na polecenia Komendy Okręgu AK Kraków i zaapelował do żołnierzy AK o bojkotowanie rozkazu specjalnego Putka w sprawie mobilizacji żołnierzy podziemia do rzeszowskiej Dywizji Piechoty AK oraz zaniechania oporu wobec Armii Czerwonej i Tymczasowego Rządu Rzeczypospolitej Polskiej w zamian za przerwanie represji sowieckich;