Rynny jeziorne są stosunkowo głębokie. Jezioro Rudnickie Wielkie tworzy obecnie nieckę głębokości 13 m poniżej powierzchni równiny zalewowej Wisły, a ok. 75 m poniżej powierzchni otaczającej wysoczyzny morenowej. Jeszcze niżej schodzi dno niecki Jeziora Rudnickiego Małego. Z kolei Rynna Fletnowska, położona w zachodniej części Basenu Grudziądzkiego, przebiega południkowo, rozcinając w północnej części wysoczyzną morenową, a w dnie basenu stożek napływowy Mątawy i tarasy wyższe. Pod zatorfioną pokrywą o miąższości ok. 10 m, dno mineralne rynny leży na wysokości ok. 70 m poniżej powierzchni obrzeżającej basen wysoczyzny.
Taki układ i cechy rynien oraz wytopisk odegrały istotną rolę w zainicjowaniu i rozwoju Basenu Grudziądzkiego, w który następnie wkroczyła Wisła i jej dopływy, głównie Mątawa i Osa i modelowała go swoją działalnością. Działalność tę zaznaczyła Wisła zespołem dziewięciu poziomów tarasowych.