Ceolfryd zamierzał podarować kodeks papieżowi Grzegorzowi II i z tą myślą w roku 716 udał się w długą podróż do Rzymu, zmarł jednak przed dotarciem na miejsce, w LangresH. J. White, The Codex Amiatinus and its Birthplace, w: Studia Biblica et Ecclesiasctica (Oxford 1890), Vol. II, s. 279 nn.. Kodeks trafił wkrótce do benedyktyńskiego klasztoru San Salvatore, na górze Amiata w Toskanii. Tutaj zmieniona została dedykacja Ceolfryda, prawdopodobnie by zatrzeć angielskie pochodzenie kodeksu.
Kodeks mógł oglądać Karol Wielki podczas odwiedzin klasztoru w 800 roku. W 1228 roku zmienili się właściciele manuskryptu, ponieważ klasztor przeszedł w ręce cystersów. Udokumentowana historia kodeksu zaczyna się w 1570 roku, kiedy generał cystersów zażądał, by wydania Biblii były korygowane w oparciu o Biblię Grzegorza Wielkiego (tj. kodeks Amiatinus). W 1587 roku Sykstus V wydał dekret, by kodeks był sprowadzony do Rzymu. Był jednym z rękopisów wykorzystanych podczas prac nad przygotowaniem Wulgaty sykstyńskiej. W 1590 wrócił do Amiaty. W 1786 roku, po zamknięciu klasztoru, przekazano go do Biblioteki Laurenziana. Po przybyciu do Florencji kodeks został poddany renowacji, w wyniku której karty w foliałach ułożone zostały w innym porządku. Zbadał go tu i opisał bibliotekarz Angelo Maria Bandini.