W 1590 na pułtuskim zamku gościł król Zygmunt III Waza.
Podczas wielkiej wojny północnej król Szwecji Karol XII stoczył 11 maja 1703 pod Pułtuskiem kawaleryjską bitwę, w której rozbił dwukrotnie silniejszy korpus saski.
W 1806 r. rozegrała się bitwa pod Pułtuskiem pomiędzy wojskami cesarza Napoleona a Imperium Rosyjskim, co zostało upamiętnione na Łuku Triumfalnym w Paryżu. Napoleon Bonaparte przebywał w Pułtusku dwukrotnie w 1806 i 1812 r.
30 stycznia 1868 ludność miasta i okolic była świadkiem niecodziennego zjawiska przyrodniczego – upadku meteorytu, zwanego później „pułtuskim”. Jego największe okazy, o masie ok. 8–9 kg znajdują się w londyńskim British Museum i Muzeum Ziemi PAN w Warszawie. Siedem lat później mieszkańców Pułtuska dotknęła wielka klęska – pożar, który strawił większość zabudowy miejskiej. Spłonęły cenne pułtuskie księgozbiory. Pożar opisał w prasie warszawskiej Henryk Sienkiewicz, który przybył na miejsce tragedii. To wydarzenie posłużyło pisarzowi do opisu pożaru Rzymu w powieści Quo vadis.
Podczas I wojny światowej część zabudowy została zniszczona.