Na radzie w Głuchowie w 1708 był zgłoszony na godność hetmańską, jednak wywołało to negatywną opinię Piotra I, który miał powiedzieć: To człowiek chytry, z niego może być drugi Mazepa.
Na urzędzie hetmańskim Po przegranej Karola XII, którego Mazepa był sojusznikiem, z Piotrem Wielkim pod Połtawą, car rozpoczął likwidację ostatnich objawów kozackiej autonomii. Samo używanie nazwy "Ukraina" zostało przez niego zakazane, do języka wprowadzono pojęcie "Małorosja" (ukr. Малоросія), które zresztą istnieje w języku rosyjskim do dziś, będąc określeniem terenów Ukrainy tamtych czasów. Zamiast urzędu hetmana kozackiego stworzył on w 1722 roku Kolegium Małorosyjskie, które nie miało w swoim składzie żadnych Kozaków. Celem tego organu władzy było „ukorzyć ich ojcowiznę” (ukr. привести їх батьківщину до покори, według słów hrabiego Tołstoja, doradcy Piotra Wielkiego).
Kolegium Małorosyjskie zarządzane było przez 6 rosyjskich oficerów sztabowych, z generałem brygady na czele, i prokuratora. Wprowadziło ono wysokie podatki, a sumami z nich pochodzącymi rozporządzało według własnego uznania. Pułkownicy z Wielkorosji (jak nazywano Rosję) dopuszczali się nieprawidłowości, a wojsko rosyjskie gnębiło miejscową ludność.